Cinco anos após a série original, Ben Tennyson está com 15 anos e deve voltar a usar o Omnitrix para salvar o Vô Max de um novo inimigo: Highbreed e os DNAliens, que são unidos pelos Forever Knights. Ben e Gwen pedem ajuda para Kevin que aos poucos vai se tornando amigo deles. Ben tem que reunir uma equipe de heróis para salvar o avô Max, e Ben resolve pôr mais uma vez o omnitrix e aprende a se transformar em 10 novos aliens. Para salvar Max, Ben e os outros tem que derrotar os DNAaliens e Highbreed, que querem destruir a galáxia, começando com a Terra. Ben 10: Alien Force começa com 5 anos depois quando Ben Tennyson de 15 anos decide pôr mais uma vez o Omnitrix e descobre que reconfigurou o seu DNA e pode transformá-lo agora em 10 novos heróis aliens. Com ele junta-se a sua prima, Gwen Tennyson e o seu antigo inimigo, Kevin Levin. Agora Ben está numa missão de encontrar o seu avô Max mas para salvar o seu avô, Ben tem de derrotar os DNAliens e Highbreed, criaturas com a intenção de destruir da galáxia, onde começam com a Terra. Ben juntará forças com outros jovens heróis para salvar a galáxia e o seu avô Max, enquanto passa muitas aventuras de uma nova geração!
O Ominitrix(Alien Force)
Ao Detectar DNA Desconhecido No episódio "Max Está Fora", o omnitrix emitiu um bipe muito estranho. Primeiro, foi numa batalha contra dois DNAliens numa oficina, onde o carro de Kenny estava destruído. O omnitrix ficou próximo a uma gosma estranha que os DNAliens cospem pela boca e apitou. Ben não entendeu nada. Depois, o segredo foi revelado quando Ben, Gwen e Kevin encontram um DNAlien preso pelo vô Max dentro de um caminhão. O omnitrix apitou mais uma vez, só que ficou mais próximo à gosma que os DNAliens cospem da boca e ao próprio DNAlien preso. Então, pela primeira vez o relógio disse a seguinte mensagem: “DNA desconhecido obtido”.
Como Tentativa de Cura
No episódio "Max Está Fora", vimos que um xenocita (criatura alienígena que se integra nos humanos transformando-os em DNAliens), se funde com Kenny, o irmão de Gwen. Kenny então começa à se transformar num DNAlien lentamente. Antes disso, o omnitrix já estava agindo estranhamente, logo depois numa batalha contra DNAliens, Kenny estava com a sua transformação quase completada, estava quase virando um DNAlien. Sua personalidade estava mudando e ele estava ficando muito agressivo. Foi aí que o omnitrix apitou e disse a seguinte mensagem: “Danos severos detectados”. Depois disso, logo em seguida o omnitrix exibiu outra mensagem: “Erro no deslocamento de código genético, deveria fazer uma tentativa de reparo?”. Ben então percebeu que o omnitrix queria curar Kenny (remover o xenocita). Então Ben coloca sua mão sobre a cabeça de Ken, e o dispositivo começou à brilhar muito forte. Depois, aconteceu algo muito esquisito na cabeça de Ben, era como se ele estivesse dentro do omnitrix, junto com Kenny fundido com o xenocita. Então, Ben coloca sua mão na cabeça de Kenny novamente, e sentiu como se os tentáculos do xenocita estivessem cobrindo ele todo. Após isso, abriu os olhos e viu o xenocita na sua mão, e Kenny completamente curado.
Como Insígnia Para Comunicar-se com Encanadores
No episódio "Pressão No Porto", vemos o omnitrix agir estranhamente novamente logo no encontro que Ben finalmente tinha arranjado com Julie. O omnitrix começou à apitar sem parar (igual quando o omnitrix detectou um DNA desconhecido no episódio “Max Está Fora” só que bem mais alto), e Ben não entendia nada. Tratava-se de Blorp, um alienígena da espécie do Ultra-T (um Mecomorpho Glavânico), que estava preso em sua nave e com uma bomba prestes à explodir. Ele então decidiu contatar algum Encanador para ajudá-lo, e por pura coincidência foi Ben, por causa do omnitrix agir como uma insígnia para contatar Encanadores nessa série. Ship, um simbionte do corpo de Blorp, foi enviado atrás do Encanador que recebeu o pedido de socorro de seu dono (o apito), e a única forma que Ship achou pra isso foi causar a maior confusão destruindo o Píer (parque onde Ben foi se encontrar com Julie), e raptando a garota. Mas Blorp acabou sendo salvo, e como Ben não era Encanador, ele só ficou sabendo que o sinal que o omnitrix estava emitindo (o apito), era um pedido de socorro, ou seja, uma forma de contatar Encanadores igual as insígnias!!!
